Анна, статьи об уходе на сайте читали?. Думаю, что нет. Почитайте -
http://homecitrus.ru/planting.html
Там в конце каждой статьи, а Вам в первую очередь нужны "Почва" и "Пересадка", есть ссылки на соответствующие темы форума, в частности, на темы про горшки и про готовые грунты.
В этих вопросах нет единых решений и советов. Читайте и выбирайте подходящий для себя вариант.
Что касается корней. В статье "Пересадка " по ссылке, что я Вам дала, увидите фото здоровых корней, какими они должны быть. Темные мокнущие корни, с которых при легком потягивании пальцами снимается шкурка, оставляя "тонкую ниточку", это мертвые корни, их можно и нужно выбрать и отрезать. То, что останется, опудрить каким-нибудь корнеобразователем (Корневин, Гетероауксин и т.п.) и посадить, не забыв про дренаж, в горшок размером
не превышающий размера оставшейся корневой системы.
А дальше - аккуратный полив, тепло, свет, то есть хорошие стабильные условия.. и терпение..
И еще почитайте темы по реанимации (можете набрать это слово в "Поиске")в разделе "Цитрусовый сад"