... и укоротить корень подвоя?
Вот этого у цитрусов не делают практически никогда.
Давать какие-либо советы вслепую, не видя и не представляя себе объект обсуждения просто невозможно или слишком самонадеянно.
Надежда, покажите общий вид растения с горшком, хотя бы.
Почитайте тему Пересадка и перевалка цитрусов. Когда и как пересаживать?
А может быть у Вас растение как в этой теме Адаптация цитрусов с открытой корневой системой , с корнем - палкой, потому Вы и корень укорачивать хотите?