Вот проблемы, скорее всего, идут еще с тех времен, с сильной обрезки. Большой горшок, сильная обрезка и смена условий.
При массовой обрезке здорового растения, в нормальных привычных условиях старые деревья обрастают очень хорошо, дают сильные побеги и очень быстро восстанавливаются до первоначального размера, соответствующего корневой. При резком уменьшении объема кроны дерево потребляет гораздо меньше воды, площадь испарения-то сократилась, полив должен был быть гораздо меньше и аккуратнее. В вашем случае, раз дерево не восстановилось, значит уже тогда что-то пошло не так. Скорее всего первый залив случился уже тогда и корни наверняка подгнили. Я уверена, что корней там сейчас гораздо меньше, чем Вы могли видеть при пересадке. А мало корней в большом горшке, приводит к угнетению цитруса в большинстве случаев, по крайней мере в условиях далеких от идеала. И раз дерево так и не смогло восстановить форму за такой долгий срок, вряд ли это возможно сейчас или грядущей зимой.
Я бы смотрела корни, не разрушая весь ком только о периферии горшка или стряхнув по краям немного грунта, да он и сам осыплется, если не оплетен корнями. Если много гнилых о краям, их убрать, опудрить корневином и поместить в меньший горшок по размеру корневой.
Если решитесь на это, полностью обтрясать грунт с корней такого большого растения не советую, этим можете добить дерево. Полное оголение корневой показано только тогда, когда корни гниют сейчас и активно. Судя по виду дерева, вряд ли они гниют именно сейчас.
Да, кстати, сейчас еще больше уменьшить крону обрезкой нижних веток дичка, может оказаться вообще фатальным в этом большом горшке... Только загнуть, но не резать..
И еще, Сергей, зря Вы ветки резали и в нашатырь макали. Окраску может быть и даст, но утверждать, что это однозначно мальсекко, нельзя. .