Не получится что подвой будет со временем тоньше привоя? И может его подсадить на дополнительные корни от соседа и как это сделать...
Что касается усиления потенциально слабого подвоя каламондина дополнительными корнями, то Ваша идея представляется вполне целесообразной и реально выполнимой. Технический приём такого рода прививки называется аблактировкой - смотрите начало этой темы,
пост 10. Выполнять её лучше сразу под прививкой лимон-лайма.
Также можно с подобным приёмом ознакомиться в теме "Малораспространённые способы прививок" -
здесь (четыре последних снимка). Но выкапывать сеянцы Вам, разумеется, не нужно

. Ещё посоветовал бы до полного срастания (с месяц-полтора) не срезать верхнюю часть второго подвоя над аблактировкой.
Останутся какие-то неясности, или появятся дополнительные вопросы, продолжим дальнейшее обсуждение.
Однако с Вашей техникой в этом необходимости, похоже, не будет

.
Успеха!