Чисто гипотетически такую землю использовать можно, но не очень желательно.
Во-первых, в садовом грунте много живности, в том числе дождевых червей, кивсяков, мокриц. Они в открытом грунте не оказывают негативного влияния на растения, а в ограниченном пространстве горшка от них больше вреда, чем пользы.
Во-вторых, в грунт зарывается зимовать множество вредителей, да и ещё личинки туда откладывают.
В-третьих, томаты поражаются рядом заболеваний, которые приносить в условия квартиры не желательно.
Вернёмся к перегною, что Вы имеете в виду: перепревший навоз или компост? В любом случае одного года для перепревания мало, лучше года три подождать, особенно, если это навоз.
Теперь к позитиву. Не знаю где Вы живёте, но я бы набранный грунт оставила морозится в плотно запечатанных пакетах на балконе или прямо на даче, только не на земле, а на пример на лавке или ящике. Весной принести домой, дать оттаять и прогреть на медленном огне в духовке до появления запаха, но только до появления, не дольше. Перемешать и дать постоять сутки (ну это условно, когда понадобится, тогда и использую). Если грунт получается тяжеловат, то можно добавить покупные грунты на основе торфа (тот же "Сад чудес"). Да, чуть не забыла, если перегноя больше 30% в вашем грунте, то лучше просто низового торфа для разрыхления добавить, а не готового грунта. По яблоневому опаду ни чего хорошего не скажу - все бяки-боляки и жуки-пауки в нём присутствуют. Из листового опада хороший перепревший грунт получается, мы за ним даже раньше в лес ходили. В бочки 200-литровые накладывали до верху, уминали, добавляли как оседает. Туда же и скошенную траву летом кидали, ещё помню карбамидом посыпали, чтобы оседало быстрее. Верх закрывали дерном сантиметров 20-25 и завязывали плёнкой полиэтиленовой. самая лучшая и "вкусная" земля получалась.