Александр, для лаймквата, полагаю, не столь принципиально, обрезать или оставить нижнюю ветку.
И в том и другом случае хорошее функциональное состояние цитруса сильно не изменится.
Но при наличии у Вас желания формировать цитрус на штамбе (хотя бы в первом приближении) целесообразность такой обрезки очевидна. Да и с сточки зрения декоративности растения показана - согласен, есть диссонанс с формируемой кроной.
К тому же Вы можете укоренить ветку, нарезав после вызревания прироста на отдельные черенки, или целиком воздушной отводкой.
Успеха!