Анна, сеянец апельсина - благодатный подвой. Если Вы овладели искусством прививки, то для приведения его к статусу культурного (сортового) цитруса годится практически любой способ - от окулировки щитком вприклад, копулировки - до прививки врасщеп, в боковой зарез и т. д.
Названные способы всесезонны (не требуют активного сокодвижения подвоя).
Если у Вас цель получить штамбовое растение, я бы прививал таки с предварительным частичным снесением головы (а точнее всех трёх).
Иначе говоря, в верхней части кроны, там где расходятся три вертикальных и почти равнозначных побега, сделал бы на них (примерно в середине - второй трети длины) три копулировки, желательно, улучшенные - в замок. Отрезанные верхушки, при желании, можно укоренить для последующих прививок.
Нет уверенности в успешном выполнении копулировки - делайте там же более простые, но менее надёжные (на мой взгляд) прививки врасщеп.
Для страховки, несколько ниже, на основном стволике можно выполнить ещё прививку-две методом в боковой зарез ( здесь, здесь) или окулировкой.
Все остальные побеги (включая и второстепенный стволик) сразу после прививок, для лучшего приживления последних, желательно подвергнуть пинцировке (отсечению - выщипыванию верхушек), возможно и не раз; а через пару месяцев, когда привои приживутся, полностью вырезать дикую поросль.
Из эстетических (и не только) соображений остатки отсохших в нижней части ствола веток я бы срезал до живой ткани сразу, ещё до прививки. Места среза можно обработать (но без фанатизма) зелёнкой, а после подсыхания замазать любым клеем типа Момент. Со временем срезы полностью зарастут раневой тканью и на стволе, по мере его утолщения будет почти незаметным место среза сучков.
Успеха!