Растение не замученное, вполне может нормально вырастить завязавшийся лимон. Зачем вообще что-то резать именно сейчас?
Вполне достаточно было бы подвязать ветки вертикально (или в нужном Вам положении) до нужной Вам высоты, а верхнюю часть веток отогнуть вниз. Когда начнется новый рост, почки должны проснуться в месте изгиба. Отогнутую часть потом можно будет обрезать, если захотите.
Про отгибание веток примеры смотрите в теме Формируем крону нашим цитрусам. Примеры для подражания.
И, кстати, если Вы хотите все обрезать, чтобы формировать штамб, учтите, что Мейеры любят расти кустом. Об этом говорилось в теме Особенности формирования лимона Мейера
Дмитрий, для начала, Вы должны определиться, какой вид кроны хотите получить, а уж потом думать и спрашивать, как добиться желаемого, а не просто так взять и все обрезать...